北交所的佣金和沪深A股主板佣金并不一样，二者不仅券商默认挂牌费率存在差距，板块佣金权限相互独立无法自动同步，同时在最低收费规则、底层交易所规费成本上也有着明显区分，只有印花税、基础过户费这两项法定收费标准实现全市场统一。很多投资者在开通北交所权限后会直接沿用主板谈好的低佣金，但实际交割单扣费依旧偏高，核心原因就是券商后台将不同交易板块的佣金档位做了分开设置，主板的优惠协议不会自动生效在北交所交易订单上。
普通投资者自助线上开户时，沪深主板A股默认佣金大多集中在万2.5至万3之间，并且严格执行单笔佣金不足5元按照5元收取的硬性规则，小额零散交易很容易拉高实际费率。而北交所初始默认佣金普遍在万5到万6区间，整体起步费率高于主板，更关键的一点是多数头部券商针对北交所普通股票交易取消了5元最低佣金限制，对于经常小仓位试错的投资者来说，小额买卖不会再触发保底扣费，这一点反而比主板更友好。想要降低北交所佣金，不能只开通主板调佣，必须单独联系券商客户经理提交北交所专属费率调整申请，存量账户开通北交所权限后如果没有主动申请改价，系统会一直按照初始偏高的默认费率计费。
造成二者佣金定价存在差异的核心根源，来自交易所收取的固定经手费成本不同，这笔费用会被券商纳入佣金成本核算，也是北交所很难做到和主板完全一致低佣的关键。沪深主板股票双边合计经手费标准更低，而北交所股票双边经手费标准高出一倍有余，券商在定价北交所佣金时需要覆盖更高的交易所固定支出，即便投资者协商到同等名义佣金，北交所的综合交易成本依旧会略高于主板。这里还要区分全佣和净佣模式，如果办理的是净佣套餐，北交所高额的经手费还会在佣金之外单独扣除，很容易让投资者误以为佣金被私自调高，开户协商费率时优先选择包含全部规费的全佣模式，能更直观对比两个板块的真实佣金水平。
想要合理平衡两个板块的交易成本，可以根据自身交易习惯制定对应的方案，如果以大额中长期持仓为主，可以同时向券商申请主板与北交所统一化的低佣金档位；如果偏爱北交所小额短线交易，则可以利用北交所免5的规则拆分订单，同时减少高频换手抵消高额经手费带来的损耗。交易完成之后定期查看交割单拆分明细，核对佣金、经手费、印花税分项扣费，能够及时发现未生效的调佣申请，避免长期无意识承担过高的交易手续费。
